水和沉积物中含有大量的钙离子，碱度较高的池塘不宜施用生石灰，因为如果再次施用生石灰，磷酸盐沉淀越固定越完整，会降低水中有效磷的浓度，造成水体缺磷，影响甚至限制水生植物的生长。藻类丰富、pH值高的水，生石灰往往会引起碱中毒或大量藻类死亡，导致水质恶化、鱼蟹虾死亡等。需要注意的是，蓝藻爆发的水体不宜使用生石灰。蓝藻爆发水体的pH值偏高(碱性)，因为生石灰的应用会促使蓝藻疯狂生长。使用生石灰后，水中的磷酸盐沉淀越多越固定，越完全会降低水中有效磷的浓度，造成水体缺磷，影响甚至限制水生(浮)植物的生长，可能造成养鱼产量低。当老化的水和水体老化(发臭)时，水中往往会有大量的氨氮物质。当生石灰使用后pH值升高时，会引起分子态氮迅速增加，有害性可能是原来的几百倍，容易导致鱼类氨中du。臭水往往含有大量的氨氮。使用生石灰后，pH值迅速上升，会导致分子态氮迅速上升，毒性是原来的几百倍，引起氨中du。
在养殖甲鱼的过程当中，我们常常会使用生石灰对养殖池进行消毒，让养殖池中的有害生物无法存活，达到效果的效果。生石灰消毒的方法虽然简单、便宜，但是生石灰的使用也是有要求的，那么甲鱼养殖过程中如何正确的使用生石灰呢？生石灰的消毒原理是利用氧化钙和水反应生成氢氧化钙，使水质呈强碱性，导致病原微生物和野杂鱼虾难以存活而死亡，从而达到清塘消毒的目的。对大多数繁殖型病原菌有较强的消毒作用。另外，生石灰能中和池内酸度，提高水体碱度，调节水体pH值；能与铜、锌、铁等结合而减轻水体毒性；促进池底厌氧菌群对有机质的矿化和腐殖质分解，使水中悬浮的胶体颗粒沉淀，提高池水的透明度；可改良底质，增加钙肥，提高水生植物对钙、磷的利用率，有利于浮游生物繁殖，保持水体良好的生态环境。
巧用生石灰 对于水产养殖者来说，生石灰是个好东西，来源广、效果好，而且功能也很强大，我们在养殖时一定要好好利用生石灰。可用作水质调节剂。如果小龙虾养殖的稻田 水质易呈酸性、老化时，可用浓度为15 - 20毫克/升的生石灰液全池泼洒，能够调节水质，改善水体养殖环境。另外，定期在养虾的稻田里泼洒生石灰，可有效增加水体的钙含量，有利于小龙虾壳质的形成，促进蜕壳的顺利进行。可用作防霉剂。部分用于水产养殖的饲料，特别是用秸秆类制作的饲料，存放一定时间会发生霉变，若在饲料中加入一定量的生石灰，使其处于碱性条件下，可抑制和杀死微生物，从而起到一定的防霉保鲜作用。可用作稻田涵洞的填料剂。在稻田加高加固田埂中埋入注水管道、排水管道时，用生石灰作为填料堵塞管道周围的缝隙，既可以填充缝隙，又能防止黄鳝、蛇、鼠等顺着管道打洞，效果较好。可用作消毒剂。
