水下清淤是指在船上安装清淤机械设备，可视为一个作业平台，对河道淤泥进行挖掘和清理，然后通过管道输送到岸边垃圾场。可分为抓斗挖泥、泵挖泥、普通绞吸挖泥等。
1)抓斗清淤。这种疏浚方式主要是利用抓斗式挖泥船清理河道泥沙。主要作用机理是利用抓斗挖泥船前臂的抓斗挖掘河底。这种方法多用于开挖泥层厚度较大的河道疏浚，如河道泄洪断面加大时。与其他清淤方式相比，挖泥船更加灵活，河道中的垃圾、石块等障碍物对其影响很小，而且施工方便，成本低，几乎不受天气条件的影响。但对于泥沙极其松软的河道，这种疏浚方式会导致大量表层泥沙渗漏，影响疏浚效果。
2)抽水疏通。这种清淤方法，又叫射流抽吸清淤法，是指在筒状罩内同时安装水力冲洗水枪和吸泥泵，通过水枪喷出的水搅拌底部淤泥形成泥状，然后用吸泥泵吸出淤泥，再通过管道输送到岸边堆积处。所有这样的设备都可以安装在船上，船可以同时滑行和疏浚。另一种泵送方法是用压缩空气吸收和清除污泥。在重力作用下，圆柱形下端置于水底。当它落到污泥底部后，施加压力。在水的静压力和泵筒的真空负压作用下，污泥会被泵筒吸走。这时可以用压缩空气将污泥压入排泥管，然后通过管道输送到指定地点。与其他疏浚方法相比，这种疏浚方法设备简单，一般可用于较小河流的疏浚。
3)普通绞吸疏浚。这种清淤主要采用绞吸式挖泥船，通过绞刀对底泥进行旋转、切割、搅拌形成泥浆，然后通过全封闭管道，由离心泵沿吸管输送到指定地点。一般这种绞吸法可以用在淤泥层比较厚的河流。由于泥浆在完全封闭的管道中输送，所以不会发生泥浆泄漏。同时，整个疏浚过程不会影响河道通航。
