较初发酵的中层粪液通过粪管流向第二格，第二格经发酵、分解、沉淀后溢流至第三格，第三格经沉淀、过滤后流向下水道。正是这种分割发酵的原理使得清理化粪池变得危险。池内沼气易燃易爆，操作前应充分散发，周围不得有明火。吸粪时避免弄脏工作场地和路人的衣服。盖子打开后，要有人看管，盖子要清理干净，防止行人掉入。正式清理化粪池。勾开化粪池盖板15分钟，将吸粪车开到作业现场，将吸粪管放入化粪池内，然后用铲子搅拌化粪池内的粪便结块层，边搅拌边排水，启动吸粪车开关，将粪便吸出，直至将化粪池内的硬块吸走，盖好化粪池盖板，用清水冲洗作业现场。但是也不排除一些特殊的困难情况，需要人工清理，所以清理化粪池的每一个工作者都是非常困难和伟大的。
工作人员进入泳池时，要戴防毒面具和安全帽，也要系安全带和穿防水服，泳池周围要有相应人员帮助。这样做的目的是让清洁化粪池清理更加方便有效。为了保证生命安全，大家一定不要在化粪池周围20米范围内吸烟，火柴、煤油灯、蜡烛、火把等一系列明火。不应带入罐内，以防化粪池被引爆。现在化粪池里很多人为了更好的操作高压水枪，都要求穿绝缘套和绝缘鞋，而且只要大家紧紧握住水枪，防止后坐力，同时防止高压软管瞬间充气翻腾，造成安全事故。
化粪池分为砖砌化粪池和玻璃钢化粪池。污泥将按期清理外运、掩埋或用作肥料。污水进入化粪池沉淀12 ~ 24小时后，可去除50%~60%的悬浮物。生活污水中含有大量的粪便、纸屑和致病昆虫。悬浮物浓度为100~350mg/L，有机物BOD5浓度约为100~400mg/L，其中悬浮有机物BOD5浓度为50 ~ 200 mg/L，沉降污泥经过3个多月的厌氧消化，污泥中的有机物分解为非混沌的无机物，易腐的原污泥转化为非混沌的熟污泥，改变了污泥的结构，降低了污泥和沉积物的含水量。
