较初发酵的中层粪液通过粪管流向第二格，第二格经发酵、分解、沉淀后溢流至第三格，第三格经沉淀、过滤后流向下水道。正是这种分割发酵的原理使得清理化粪池变得危险。池内沼气易燃易爆，操作前应充分散发，周围不得有明火。吸粪时避免弄脏工作场地和路人的衣服。盖子打开后，要有人看管，盖子要清理干净，防止行人掉入。正式清理化粪池。勾开化粪池盖板15分钟，将吸粪车开到作业现场，将吸粪管放入化粪池内，然后用铲子搅拌化粪池内的粪便结块层，边搅拌边排水，启动吸粪车开关，将粪便吸出，直至将化粪池内的硬块吸走，盖好化粪池盖板，用清水冲洗作业现场。但是也不排除一些特殊的困难情况，需要人工清理，所以清理化粪池的每一个工作者都是非常困难和伟大的。
注意通风:在清掏化粪池之前，打开井盖，用鼓风机或排气扇对化粪池进行通风，尽量保持15分钟以上。需要注意的是，不要在井边检查池内的空气:下井清洗前，用仪器检查是否有有毒气体。确定没有问题后，戴好防护口罩，系好安全绳，使用安全照明工具。遇到意外，不要轻易下井:如果在化粪池清理作业过程中遇到意外，不要盲目下井救援。立即报警求助，以免造成更大伤亡。吸烟或使用明火。1.进入化粪池的人必须戴防毒口罩，穿防护服，还要系安全带。一根能承重100kg以上的绳子要绑在安全带上，绳子的另一端要绑在化粪池外裸露的梯子上。2.化粪池上方必须有两三个人，随时留意化粪池内的情况。下面有不对的地方，拉起清掏化粪池的五线谱。3.化粪池一般有三个井盖，每个井盖有两个小洞。我们必须每隔半小时或一小时打开每个井盖上的小洞。
在分解粪便的过程中，有一定的除臭作用。大大减少了劳动力，节约了成本，是一种天然环保的高科技方法。化粪池处理的时候肯定是要有工作人员来清的，很危险，处理起来也不容易。即使现在有大规模的治疗机，但还是有一些弊端。比如有的化粪池安装在狭窄的过道里，机械设备根本进不去，用不了。专业人士认为，与其使用传统的清洁技术，不如尝试现代高科技技术。生物肥剂可以分解粪便，液化有机物，有一定的除异味作用。使用效果很好，可以帮助用户彻底解决清理化粪池的问题。如果有高科技的技术，解决问题更简单方便，那么就可以替代传统的清洁方式。
