较初发酵的中层粪液通过粪管流向第二格，第二格经发酵、分解、沉淀后溢流至第三格，第三格经沉淀、过滤后流向下水道。正是这种分割发酵的原理使得清理化粪池变得危险。池内沼气易燃易爆，操作前应充分散发，周围不得有明火。吸粪时避免弄脏工作场地和路人的衣服。盖子打开后，要有人看管，盖子要清理干净，防止行人掉入。正式清理化粪池。勾开化粪池盖板15分钟，将吸粪车开到作业现场，将吸粪管放入化粪池内，然后用铲子搅拌化粪池内的粪便结块层，边搅拌边排水，启动吸粪车开关，将粪便吸出，直至将化粪池内的硬块吸走，盖好化粪池盖板，用清水冲洗作业现场。但是也不排除一些特殊的困难情况，需要人工清理，所以清理化粪池的每一个工作者都是非常困难和伟大的。
如果去指定的粪污处理厂处理，清理工作现场，需要清理气道，盖好井盖，切断电源，关闭水源，这样不仅可以达到化粪池的效果，更重要的是污染源不一样！清掏化粪池，在当今社会，是一件相对简单的事情，但也是一件相对危险的事情，因为清掏化粪池无论从工作量还是工作难度来说，都不算难。但是长时间在化粪池里堆肥，容易产生各种有害气体，还是比较危险的。对于清掏化粪池中涉及的人员，工作时需要格外注意。
化粪池分为砖砌化粪池和玻璃钢化粪池。污泥将按期清理外运、掩埋或用作肥料。污水进入化粪池沉淀12 ~ 24小时后，可去除50%~60%的悬浮物。生活污水中含有大量的粪便、纸屑和致病昆虫。悬浮物浓度为100~350mg/L，有机物BOD5浓度约为100~400mg/L，其中悬浮有机物BOD5浓度为50 ~ 200 mg/L，沉降污泥经过3个多月的厌氧消化，污泥中的有机物分解为非混沌的无机物，易腐的原污泥转化为非混沌的熟污泥，改变了污泥的结构，降低了污泥和沉积物的含水量。
